Käibemaksutagastuse süsteemi asendamine maksuvabastusega (korrektne on öelda, et 0% maksumääraga maksustamine) vähendab tunduvalt nii kaitseministeeriumi, kui ka liitlasvägede halduskoormust. Erinevatel liikmesriikidel on erinevused finantssüsteemides ja ajaline lõtk käibemaksu maksmise ja selle tagasi saamise vahel võib oluliselt mõjutada Eestis raha kulutamise võimalust ja ka hulka. Paljud riigid ei tohi tagastatavat summat enam siin kasutada, mille tõttu võivad siin tehtavad investeeringud jääda 20% võrra väiksemaks.
Teine etapp muudatuses seisneb selles, et võrreldes kuni esimese maini kehtinud KMS § 15 lg 3 p 5 § 15 lg 4 p 14 redaktsiooni uuega, laiendatakse alates 01.01.2017 muudatusega 0%-lise käibemaksumäära rakendamist kauba müümisel ja teenuse osutamisel ka Eestis asuvale Euroopa Liidu institutsioonile. Sätestatud 0% maksumäära tõendavaks dokumendiks on institutsiooni esindaja ja Välisministeeriumi kinnitusega käibemaksuvabastustõend. Eestis asuvale institutsioonile kohaldatakse 0% maksumäära tingimusel, et arve summa ilma käibemaksuta on vähemalt 53 eurot. Arve kogumaksumus võib olla väiksem kommunaalmaksete ja kütuse puhul. KMS § 15 lg 3 täiendatakse sellega seoses punktiga 5¹.
Kui juba alates 01.05.2016 saavad ettevõtjad NATO vägedele müüa 0% maksumääraga kaupu ja teenuseid, siis edaspidi alates 01.01.2017 saavad kohalikud ettevõtjad ka Euroopa Liidu institutsioonidele müüa Eestis kaupa ja teenust 0% maksumääraga. Euroopa Liidu institutsioonile 0% maksumääraga müümiseks peab ettevõtjal olema hiljem maksuhaldurile esitada käibemaksuvabastustõend sellelt institutsioonilt, mille kinnitab Välisministeerium ja arve kogumaksumus peab ilma käibemaksuta olema vähemalt 53 eurot. NATO relvajõududele 0% maksumääraga müümisel vajamineva käibemaksuvabastustõendi kinnitab kaitseminister või tema poolt volitatud ametnik. NATO vägede kauba või teenuse müügi puhul rahalist piirangut sätestatud ei ole.
